Ο ναός του Προφήτη Ηλία αποτελεί σημαντικό μνημείο της Θεσσαλονίκης και ένα από τα πιο αντιπροσωπευτικά δείγματα ναοδομίας της Παλαιολόγειας περιόδου.

Ο Ναός συμπεριλαμβάνεται στα Παλαιοχριστιανικά και Βυζαντινά μνημεία της Θεσσαλονίκης ως Μνημείο Παγκόσμιας Κληρονομιάς της UNESCO.

Ο αρχιτεκτονικός του τύπος, τετρακιόνιος σταυροειδής εγγεγραμμένος με πλάγιους χόρους, γνωστός ως αθωνικός ή αγιορείτικος χρησιμοποιήθηκε αποκλειστικά για καθολικά μονών και είναι μοναδικός στη Θεσσαλονίκη.

Βρίσκεται στη σημερινή συμβολή των οδών Ολυμπιάδος και Προφήτη Ηλία στην Άνω Πόλη, σε ένα φυσικό ύψωμα που παλαιότερα έκανε το ναό να δεσπόζει στην πόλη, με τον επιβλητικό όγκο του και τον περίτεχνο τρούλο του, που τονίζονται με κεραμοπλαστικό διάκοσμο.

Αρχικά, ο ναός ταυτιζόταν από τους ερευνητές με το καθολικό της Νέας Μονής λόγω της θέσης του στην περιοχή όπου αναζητούνται τα βυζαντινά ανάκτορα που κάηκαν το 1342 από τους Ζηλωτές.

Η Νέα Μονή ιδρύθηκε μεταξύ των ετών 1360-1370 από το μοναχό Μακάριο Χούμνο και ήταν αφιερωμένη στην Παναγία. Η πρόσφατη όμως μελέτη τουρκικών πηγών δείχνει ότι μια τέτοια ταύτιση είναι αδύνατη καθώς αναφέρεται ότι ο ναός μετατράπηκε σε τζαμί μετά το 1430 από τον Μπαντραλή Μουσταφά Πασά, ενώ η Νέα Μονή λειτούργησε τουλάχιστον ως το 1556.

Το ότι δεν πρόκειται για το καθολικό της Νέας Μονής φαίνεται και από τις τοιχογραφίες του νάρθηκα που μαρτυρούν ότι πρόκειται για ναό αφιερωμένο στο Χριστό και όχι στην Παναγία καθώς και από το γεγονός ότι ο αριθμός των 17 μοναχών που ορίστηκαν από το Μακάριο Χούμνιο για τη Νέα Μονή ήταν πολύ μικρός για έναν ναό με το μέγεθος του Προφήτη Ηλία.

Η αφιέρωση του στο βιβλικό προφήτη είναι πρόσφατη, καθώς η αρχική του ονομασία ξεχάστηκε στα πεντακόσια χρόνια της Τουρκοκρατίας, πράγμα που άλλωστε συνέβη με αρκετούς βυζαντινούς ναούς της Θεσσαλονίκης. Σύμφωνα με μία άποψη, η σημερινή αφιέρωσή του οφείλεται σε παρετυμολογία του τουρκικού ονόματος Sarayli τζαμί από τους χριστιανούς έτσι ώστε να βρεθεί κάποια σχέση με τη λαϊκή ονομασία αη-Λιάς. Σύμφωνα με μία άλλη άποψη το τουρκικό όνομα του τζαμιού θεωρήθηκε από τους ερευνητές Texier και Pullan ως παραφθορά του ονόματος του προφήτη, καθώς ηχούσε πολύ κοντά στο Saint Elie.

Ο ναός του Προφήτη Ηλία, συγκαταλέγεται στα δεκαπέντε παλαιοχριστιανικά και βυζαντινά μνημεία της Θεσσαλονίκης, που έχουν ενταχθεί στον κατάλογο των Μνημείων Παγκόσμιας Πολιτιστικής Κληρονομιάς της Unesco.